所謂的巧克力囊腫，就是指子宮內膜異位瘤，是發生於卵巢內的子宮內膜異位症，隨著每月的月經來潮，這些異位的內膜組織也會產生月經造成經血堆積於卵巢內，形成卵巢腫瘤，因內容物極像巧克力之狀，故通稱巧克力囊腫。
子宮內膜異位症，顧名思義，就是子宮內膜組織，在子宮內膜以外的地方發育生長所致，其發生率在生育年齡的婦女約是百分之七，在一等親有內膜異位症的家屬，其發生率是一般人口的七倍。其發生的原因，有許多的說法，但大部份的學者相信是子宮內膜細胞轉移到子宮外生長發育所致。而轉移的途徑，最常見的是來自月經期間，經血經由輸卵管逆流至骨盆腔的器官，故子宮內膜異位症常發生於子宮壁、腹膜、卵巢、輸卵管、腸壁、膀胱壁等。而另外有些特殊的案例，子宮內膜組織可能經由淋巴或血液循環，轉移到較遠處的器官，例如直腸、小腸或肺臟、淋巴結，但並不常見。另外，子宮的手術也可能造成子宮內膜組織轉移到手術傷口，而造成手術傷口的子宮內膜異位症。
臨床上，子宮內膜異位症的患者，依嚴重度的不同，也會表現出不同程度的症狀。常見的症狀是痛經，通常在月經來潮之前，便開始有腹部的不適。因子宮內膜異位症常常會合併嚴重的骨盆腔粘黏，造成受孕能力下降，增加子宮外孕的機會。另外月經失調、慢性骨盆腔疼痛、性交痛、囊腫破裂造成急性骨盆腔疼痛等等，也可能發生。若子宮內膜異位症發生於肺部，則可能出現週期性咳血，若發生於膀胱，則可能出現血尿的症狀。
在治療方面，可分成藥物治療和手術治療兩方面，可依病患的狀況和治療目標來決定治療方法。藥物治療方面，由於子宮內膜組織隨著月經週期而生長，故治療目標便是造成無月經，來達到抑制內膜組織生長的目的。常用的藥物有黃体素、Danazol、Gestrinone、口服避孕藥、性腺荷爾蒙刺激素類似劑。一般而言，要達到完整的治療效果，藥物治療通常要持續四至六個月。在藥物治療期間，通常是不會懷孕，也不適合懷孕。故患者若是考慮懷孕，則可接受手術治療。
手術治療方面，由於腹腔鏡技術的進步，許多的子宮內膜異位症的患者，可使用腹腔鏡手術來達到治療的目的。但對於腫瘤過大，粘黏太嚴重，或發生於泌尿道或胃腸道等部位的患者，則較不適於腹腔鏡手術，可採用傳統的開腹手術。手術目標，則要盡量清除異位的子宮內膜組織，可用切除或電燒的方式來處理。對於仍然要計畫懷孕的患者，則要盡量保留卵巢和輸卵管的功能，並可於手術時，檢視輸卵管功能是否通暢，並盡量減少術後粘黏的發生。對於不想生育，且接近停經的婦女，則可考慮切除子宮和卵巢，以達到一勞永逸的目的。症狀嚴重的患者，無法於手術時完整處理乾淨的話，則可考慮於術後，再給予藥物治療。
子宮內膜異位症的復發率極高，藥物治療又比手術治療復發率來得高，每年約有5至20％的復發率，5年的復發率高達40％，故治療後仍要定期追蹤。對於計劃懷孕的婦女，則於治療後半年內積極懷孕，若無法如願，則可考慮人工生殖技術的協助。對於尚未結婚或是短時間內無懷孕計劃的患者，則可考慮口服避孕藥，以減低復發率。